土地增值税三分法清算下拆迁成本归集争议——恩施某公司土增清算税案的学习记录与启示

一、案件基本情况

1、案由

恩施市中大房地产开发有限公司诉国家税务总局恩施土家族苗族自治州税务局税务行政管理案，争议核心为土地增值税清算中“三分法”的成本归集方法适用问题。

2、案件时间线

2007年“中大御城一期”项目批准立项

2008年至2012年分三次取得开发建设用地

2011年至2013年分三个时点竣工验收备案。

2014年9月，中大公司首次向原恩施市地税局申请土地增值税清算并提交清算报告。

2016年11月，中大公司申请二次清算，主张应缴土地增值税897,214.4元，而已预缴9,351,044.87元，应退税845万余元。

2018年1月，中大公司就拆迁补偿费成本归集方法递交请示，主张按“直接成本法”一一对应归集。2018年4月，原湖北省地税局作出批复，明确按“三分法”分别归集拆迁补偿费。

2019年7月，恩施市税务局作出清算审核通知书，认定应缴土地增值税5,910,205.41元，退税金额骤降至376万余元。中大公司提起行政复议被维持后，提起行政诉讼，一审、二审均败诉。

3、争议事实

项目涉及拆迁还建面积7,970.04㎡。中大公司主张，拆迁还建应遵循“拆什么还什么”原则，将拆迁补偿费按实际发生类型直接归集到普通住宅、非普通住宅和其他产品中，采用“直接成本法”。税务机关则认为，拆迁行为服务于整个项目而非仅对应某一类产品，应将拆迁补偿费作为共同成本，按建筑面积法在“三分法”三类产品中分摊。

4. 判决要旨

法院支持税务机关立场，确认“三分法”下的成本归集应遵循“受益原则”而非“一一对应原则”。拆迁补偿费属于服务于整体项目的共同成本，税务机关采用建筑面积法分摊符合税法规定。中大公司主张的直接成本法混淆了“专属成本”与“共同成本”的界限，不予采纳。

5. 核心依据

《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条要求扣除项目金额归集的各项成本费用“必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的”

国税发〔2006〕187号文第四条规定共同成本应按可售建筑面积比例或其他合理方法分摊

湖北省地税局鄂地税函〔2018〕42号批复进一步明确“三分法”的成本归集规则。

二、案件流程总结

1. 实际流程

企业自行清算申报（主张退税845万）→ 税务机关审核调整（退税降至376万）→ 行政复议维持 → 一审败诉 → 二审败诉。

2. 核心争议点

“三分法”的本质究竟是“分类归集后分别计算”还是“一一对应分摊”？

拆迁补偿费能否直接归属于特定产品类型？

税务机关选择建筑面积法的自由裁量权是否应受司法审查？

三、学习与启示

1. “三分法”下成本归集的核心是受益原则而非形式对应。企业将成本按“拆什么还什么”的逻辑直接归集，在形式上合理，但税法关注的是成本实际服务的受益对象，整体项目共同受益的成本不能人为切割。

2. 分类方法的选择对税负影响巨大，但并非任意可选。当前执行层面，税总发〔2015〕114号文件已将申报表统一为三分法框架，二分法地区仍有执行空间，企业应根据项目产品结构提前测算不同方法下的税负差异。

3. 成本分摊方法是土增税清算中的高频争议点。从恩施中大案到贵州高院再审的车位成本分摊案，法院普遍尊重税务机关依据“受益原则”选择分摊方法的裁量权，但要求税务机关不能武断否定纳税人的合理主张，涉及面积认定等事实问题应交由专业机构明确。

4. 国家税务总局公告2026年第3号已于2026年1月1日施行，对预征清算衔接、收入归集期等核心口径作出统一规定，但分类方法本身仍未有全国性定论，企业需密切关注所在省份的具体执行口径。

案例来源： 湖北省恩施土家族苗族自治州中级人民法院（2020）鄂28行终201号行政判决书

文章来源：瀚霆 星河税驿