地产行业土地增值税清算的关键争议点、风险点与实务应对！

【背景介绍】

土地增值税是房地产企业的重要税负之一，其清算环节因政策法规体系过于笼统、各地执行口径差异显著，成为税企争议的高发地带。

近年来，随着房地产市场下行，税务部门为做好组收工作，客观上加快了符合清算条件的房地产项目的清算推进速度，大量房地产企业面临严峻的土地增值税风险。

以下从清算触发条件、收入确认、成本分摊、扣除凭证、税收优惠等维度，系统梳理关键争议点和风险点，并提出应对策略。

一、清算程序类争议

1. 清算时点争议

理论上，根据《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第九条至第十一条，项目达“应清算”条件（全部竣工销售、整体转让、直接转让土地）后90日内须办理清算；“可清算”条件（销售85%、预售证满三年等）由税务机关通知后90日内清算。

实际操作中，企业常因未及时收集完整资料或对政策理解不足而逾期。

比如，预售证满三年，这个起算点时有争议，各地对起算时点执行口径也不一样。大多大中型项目有多份预售许可证，一般以最后一份许可证载明的时间为准；未取得许可证的，以首个销售合同签订时间来定。

纳税人拒不清算或不配合提供清算资料的，税务机关可依据《税收征收管理法》处理。部分地区强调，符合清算但逾期不清算的，经税务机关责令限期清算，仍逾期的公司，税务机关可按核定征收方式处理。

所以，企业最好建立项目台账，人员变动做好交接，清算工作提前90天启动准备，主动与税务机关确认时点。

2. 清算单位划分争议

国税发〔2006〕187号第一条仅规定"土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算"，该规定，并未明确依据哪个部门审批。

这一模糊授权，助力各地执行口径的差异。

实际操作，通常以《建设工程规划许可证》确定的分期项目为单位。需要特别指出的是，并非所有地区都以《建设工程规划许可证》为唯一标准。

清算单位如何划分，直接影响增值额的计算范围。

要是各期项目有盈有亏，不同划分方式会出现极大的税负差异。企业不精通筹划会导致增值额浪费，整体税负上升；如果擅自合并或拆分不同期项目，可能被调整。

因此，跨区域开发的企业，要了解项目所在地的具体执行口径。作阶段规划并与税务机关确认清算单位，保持与许可证一致。

二、收入确认类争议

1. 视同销售认定

《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产......

这里的视同销售，应按同类均价或市场价、评估价确认收入。

回迁安置房是视同销售中最复杂的场景，实行收入与成本"双计"。但企业易漏报收入或多计成本。

最终，被税务机关稽查后，调增收入，剔除成本，要求补税。

2. 无产权地下车位处理

实行有收入即应计税，成本准予扣除。但土地成本是否分摊、如何分摊各地不一。

国税发〔2006〕187号第四条第（三）项，该条款对公共配套设施区分"全体业主所有""无偿移交""有偿转让"三种情形，未以产权证为必要条件。

这里的成本分摊，各地实际操作区别极大，车位产权性质和基础资料的保存不完善，税务筹划不对，税务机关拒绝分摊土地成本，导致扣除不足，企业补税。

三、成本分摊类争议（最复杂、最集中）

1. 土地成本分摊方法

一般来说，可采用占地面积法、建筑面积法或其他方法。但“面积”口径（是否含绿地、道路等）无统一标准。

这就给企业保留争取的空间，应主动选择税负最优的方法，并与税务机关充分沟通争取认可。如果，企业选用的方法不被认可，被强制改用其他方法，税负会明显上升。

2. 层高系数法适用

层高系数法可调整不同层高房产的成本分摊，但法律依据不明确，各地对层高系数法的适用差异较大。

实务中，仅在有地方明确允许时使用，否则采用建筑面积法，并要求经省级税务机关批准，地方不得擅自放宽标准。

3. 受益原则与分摊顺序

地产开发，需要区分专属成本与共同成本，成本归集应优先适用“专属成本法”，即分清成本直接归属于某类房产，这点在合同签订时即明确成本受益对象；其次再分摊共同成本。企业常直接采用分摊方法。

这点，国家层面仅有原则性规定，各地执行口径差异显著，企业要获得主动权，清算时说明归集逻辑，避免税务机关调整归集方式，调减扣除额。

四、扣除凭证类争议

1. 未取得合法有效凭证

土地增值税扣除必须提供合法有效凭证（发票等），比企业所得税更严。

建设过程中督促开票；清算后三年内取得发票可申请重新清算；清算审核结束前仍未支付的，不予扣除；可争取按建安造价定额核定。

因工程款未付或发票滞后，凭证缺失。这种情况，税务机关会调减扣除项目，要求企业补税。

2. 发票合规性

发票内容、开票方与实际不符，不作为合法凭证。税局会扣减该部分成本，调增增值额和利润补缴税款。

五、核定征收争议

法律规定，账目混乱提交资料不齐、逾期不清算等情形下，税务机关可核定征收。

核定收入可能与申报差异巨大，实务中，核定税负高于查账征收，甚至差异极大。

所以，企业应优先争取查账征收，保留完整资料；确需核定时，提供市场价、评估报告参与核定；对结论不服及时复议或诉讼。

六、税收优惠争议

普通住宅增值率未超20%免征土地增值税，但须分别核算普通住宅与其他类型房产。不分别核算或核算不准，丧失优惠。

分别核算不准确导致优惠被否；或普通住宅增值率略超20%，放弃优惠与负增值项目合并清算可能更有利。

建立清晰分别核算体系；清算前测算“享受优惠”与“放弃优惠合并清算”的税负差异，择优选择。

七、税款追征期风险（重要教训）

清算程序以税务机关出具审核结论为终点，在此之前应补税额未确定，追征期不起算。企业误以为提交鉴证报告或预缴即完成清算，多年后被补税。

无法以超过追征期抗辩。

收到清算通知后90日内提交完整申报材料（含申报表、清单），保留提交凭证；缴款时注明“清算税款”而非“预征”；自行委托的鉴证报告不能替代正式申报。

八、新风险点：税务联动稽查

土地增值税清算退税后，税务机关会同步核查企业所得税成本是否调减；建安成本异常、材料重复列支、成本分摊错配成为稽查重点。

补缴企业所得税及滞纳金。

清算退税时同步调整企业所得税申报；确保建安成本与结算单、采购凭证一致。

文章来源：律法家园