房地产开发项目在主管税务机关进行了土地增值税清算后可以申请二次清算吗？

1.问题产生背景

A房地产开发企业开发了甲项目，因客观原因导致总分包成本支出尚未办理竣工结算，使得甲项目的大部分开发成本暂未没有取得发票和相应的成本支付。其销售比例已达到85%，现其主管税务局要求对甲项目的土地增值税进行清算？问主管税务局可以强行对该项目进行清算吗？若其主管税务局对该项目在当前状态下进行了土地增值税清算，且对应没有取得发票和实际支付的成本在清算时不允许扣除，导致甲项目补缴了巨额土地增值税。后期甲项目进行了的相关成本结算并支付和取得了相应的成本发票，现可以向主管税务机关申请对该项目的土地增值税进行二次清算吗？

2.政策规定

（1）土地增值税清算条件

国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）

第三条 《规程》所称土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。

第九条 纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。 

（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的； 

（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的； 

（三）直接转让土地使用权的。 

第十条 对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。

（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的； 

（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的； 

（三）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的； 

（四）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。 

对前款所列第（三）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。

第十一条 对于符合本规程第九条规定，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合本规程第十条规定税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

（2）可以暂停进行土地增值税清算的条件

《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]第6号）

第十六条 纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。

（3）究竟可不可以申请进行二次清算呢？

从上述政策规定看，国家层面没有政策明确规定开发项目在进行了土地增值税清算后可以进行二次清算。

部分省份结合实际情况出台了相应规定，如国家税务总局山东省税务局关于发布《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》的公告（国家税务总局山东省税务局公告2022年第10号）第四十二条规定，房地产开发企业自结算缴纳土地增值税清算税款之日起三年内发生下列情形之一的，可向主管税务机关一次性提出申请，调整清算税额，退还多缴的土地增值税税款：

（一）清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的；

（二）清算时未支付款项而在清算后支付的；

（三）清算时应当分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的。

《国家税务总局浙江省税务局关于土地增值税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局浙江省税务局公告2024年第2号）第二条第三款至第五款规定：

（三）主管税务机关以纳税人提供的清算资料为依据出具的清算审核结论，原则上不再调整。

1.本公告发布之日起发出清算审核结论通知书的项目，符合下列情形之一的，自清算审核结论通知书送达之日起36个月内，纳税人可以书面申请调整重新计算土地增值税清算税额：一是清算时已支付可扣除款项但未取得合法有效凭证，在清算后取得的；二是清算时未支付可扣除款项，在清算后支付，并已取得合法有效凭证的。

2.纳税人符合上述情形拟申请调整清算税额的，应当在清算审核期间出具专项报告，并报送主管税务机关确认。未经主管税务机关确认的，后续不予受理调整申请。对同一个清算单位申请调整清算税额只允许一次。

3.主管税务机关应自受理纳税人书面申请之日起90日内完成调整审核。调整清算税额时，不得改变原清算单位、征收方式和成本费用分摊方法。

（四）经清算税额调整的项目，其自首次清算审核结束和调整审核结束期间已发生的尾盘申报税额允许同步调整。

（五）上述调整税额涉及补、退税的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处理。

以上山东和浙江税务局进行二次清算的条件可以做为参考，但必须与所属主管税务机关进行密切沟通。就目前而言，四川暂无相应的规定，进行土地增值税清算后，因清算时相关成本发票没有取得和支付，待后期取得发票并支付后申请二次清算的难度较大，故在面临类似情况时，最好与主管税务机关沟通申请延期至开发项目进行了总分包结算并取得了相应的成本发票和支付后再进行土地增值税清算，以避免提前清算导致相应的税收成本增加。

文章来源：亚太鹏盛四川税务师事务所