第十二条  土地增值税清算的主体是符合土地增值税清算条件的纳税人。纳税人可自行清算，也可委托税务中介机构出具鉴证报告。

第十三条  税务中介机构是依法设立并承办法律、法规、规章规定的涉税服务和鉴证业务的税务师事务所。根据《关于印发<土地增值税清算鉴证业务准则>的通知》（国税发〔2007〕132号）规定，只有纳入税务机关行政监管并通过年检的税务师事务所，才可从事本市的土地增值税清算鉴证工作。

第十四条  主管税务机关和各级稽查部门不得取代纳税人进行土地增值税清算。

第二十六条  主管税务机关是土地增值税清算审核主体，应当在受理纳税人清算资料之日起90日内（不含纳税人应主管税务机关要求的补正资料时间）组织开展并完成清算审核工作。

第二十七条　清算审核包括案头审核、实地审核。主管税务机关的清算审核以案头审核为主，必要时可开展实地审核。

案头审核是指对纳税人报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、数据计算准确性等。

实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对纳税人申报情况的客观性、真实性、合理性进行审核。

第二十八条  清算审核的内容按照国家税务总局《土地增值税清算管理规程》及相关税收政策规定执行。清算审核时，审核人员应特别关注以下内容的审核。

（一）房地产开发项目是否按规定分别计算“普通标准住宅”和“其他类型房地产”增值额并按相应增值率计算申报土地增值税。

（二）同一清算单位内，扣除项目金额能按不同的受益对象直接归集的，就直接归集；不能直接归集的，按受益对象建筑面积分摊后归集。多个清算单位内，扣除项目金额能在不同清算单位之间直接归集的，直接归集，再按同一清算单位的归集原则处理；扣除项目金额难以按不同清算单位直接归集的，应按各清算单位的建筑面积分摊归集。

对归集后的扣除项目金额(不含与转让房地产有关的税金)，先在已售面积与未售面积之间分摊，再在普通住宅与其他类型房产之间按建筑面积分摊计算。计算扣除与房地产转让有关的税金，应区分核算对象据实扣除。

（三）房地产开发企业自购建筑材料时，自购建材费用是否包含在施工企业开具的建筑业统一发票价款中重复计算扣除项目。

（四）建筑安装发票是否在项目所在地税务机关开具，验证纳税人所取得的建筑安装发票的真实性和准确性。

（五）利息支出是否取得金融机构证明。利息支出凡能够按清算项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。凡不能按清算项目计算分摊或提供金融机构利息证明的，利息不能单独扣除。已单独扣除的利息支出是否在房地产开发成本中重复计算扣除。

（六）扣除项目金额支付的截止时间，原则上以满足应清算条件之日起或者接到主管税务机关清算通知书之日起90日内，为计算扣除项目金额支付的截止时间。

（七）对于成片开发分期清算项目的基础设施费以及不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出，在先期清算时应按实际发生的费用进行分摊。对于后期清算时实际支付的基础设施费和公共配套设施费用大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按照整体项目重新进行调整分摊。

第二十九条　主管税务机关应当在完成土地增值税清算审核之日起3日内将清算审核结果报市局合议批准，并在批准后7日内向纳税人下达《土地增值税清算审核结果通知书》，要求纳税人在收到通知书之日起15日内结清应纳税款。

第三十条　清算审核结果不免除纳税人对清算申报事项、数据真实性、合法性的法律责任。

第三十一条  为进一步规范房地产企业税收征管，房地产开发项目土地增值税原则上实行查账清算。但在清算审核中发现有下列情形之一的，可实行核定清算：

（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；

（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；

（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；

（四）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。

第三十二条 主管税务机关通过清算审核、县（市）稽查局在对房地产开发企业进行纳税检查过程中发现纳税人符合本办法第三十一条规定应按核定征收方式进行清算的，应出具《土地增值税核定征收调查报告》（见附件10）经县级地税机关局长办公会研究同意后报市局审核。

市局稽查局在对房地产开发企业进行纳税检查过程中发现纳税人应按核定征收方式进行清算的，应出具《土地增值税核定征收调查报告》报市局审核。

经审核需要进行核定征收的清算项目，由主管税务机关向纳税人下达《土地增值税核定征收通知书》。

第三十三条  对于分期开发的房地产项目，各期清算的方式应保持一致。

第三十四条  稽查部门按规定开展税务检查时，应对未达清算条件的房地产开发项目土地增值税预征情况进行检查。

第三十五条  对符合本办法第十七条规定的项目，纳税人未在规定时间内进行土地增值税清算的，稽查部门可以进行土地增值税清算检查。

对符合本办法第十八条规定的项目，主管税务机关对土地增值税清算审核结束后，稽查部门可以进行土地增值税清算检查；纳税人接到主管税务机关清算通知超过90日仍未进行土地增值税清算的，稽查部门可以进行土地增值税清算检查；但对主管税务机关未下达清算通知的，稽查部门不能先进行土地增值税清算检查，而应及时向项目所在地县级地税机关反馈，由县级地税机关责令主管税务机关下达清算通知，依照本办法的规定进行土地增值税清算。

第三十六条  主管税务机关依据本办法第二十二条规定下达《责令限期改正通知书》后，纳税人在规定的期限届满仍未改正的，主管税务机关应移交稽查部门检查。

第三十七条  稽查部门进行土地增值税清算检查时，有证据认为主管税务机关实行的土地增值税清算方式不当，应向本级地税局重大案件审理委员会出具相关的证据和资料，由重大案件审理委员会决定是否改变土地增值税清算方式。

第三十八条  稽查部门在对纳税人进行土地增值税清算检查后，应依据清算结果填制《土地增值税清算检查结果表》并分别送达纳税人和项目主管税务机关。

第三十九条  清算后再转让房地产的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。

单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算时的可销售总建筑面积

经稽查部门清算检查的项目，纳税人在清算检查后销售或有偿转让的，应按《土地增值税清算检查结果表》中确定的单位建筑面积成本费用计算申报缴纳土地增值税。

第四十条　纳税人清算后再转让房地产应当按月区分普通标准住宅和其他类型房产分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。

第四十一条　纳税人清算后再转让房地产的，对于买卖双方签订的房地产销售合同有约定付款日期的，纳税义务发生时间为合同签订的付款日期的当天；对于对采取预收款方式的，纳税义务发生时间为收到预收款的当天。在签订合同时，可按合同约定的销售额计算增值额、增值率和应纳土地增值税，再根据各期收入或预收款占合同销售额的比重分期申报缴纳土地增值税。

第四十二条  纳税人清算后再转让房地产的，应在纳税义务发生时间的次月十五日内填报《清算后再转让土地增值税纳税申报表》，到主管税务机关申报纳税并结清上月应纳税款。

第四十三条  主管税务机关负责将清算工作中形成的资料与原保存的该项目税务资料应按规定合并立卷。对于成片开发分批清算土地增值税的项目，应在全部办理清算土地增值税税款工作后再进行归档。